明朝建立初年，正是日本的南北朝分裂时期，国内经济下滑、社会动荡，掌握实际权力的足利幕府希望借助和明朝通商来加强自己的经济实力，缓解财政困难。但在分裂割据状态下，占有土地的地方诸侯和大封建领主并不听幕府的话。在日本西南部，一些诸侯为了壮大自己的势力范围，在国内混战中组织武士、浪人，并勾结走私的商人，经常在中国沿海进行海盗式的掠夺和骚扰。他们带着货物和武器，一方面走私，破坏幕府和明朝的贸易交往，一方面打劫中国商船、抢掠沿海地区的居民。明时称这些人为“倭寇”，明代的倭患就是由此而起的。
倭患的重灾区主要在东南沿海，从辽东半岛到山东半岛，及至江苏、浙江、福建、广东等地，都有倭寇出没。永乐时期（1403—1424），明政府加强海防，曾对来犯倭寇予以沉重还击，尤其是永乐十七年（1419），总兵刘江在辽东望海埚一战消灭登陆的全部倭寇，令其在相当长的一段时间内不敢再进行大规模的骚扰。到了嘉靖年间（1522—1566），日本进入“战国”时期，分裂为更多的诸侯国，各路诸侯都争着与明政府通商，有限的贸易难以满足需求，有的通商不成，就用武力抢劫。此外，由于中国东南沿海一带商品经济发展，海上商贸活跃，不少有钱有势的官僚地主也卷入“下海”经商潮中，其中一些人与倭寇相勾结，走私牟利，更有一些奸商参与倭寇的海盗活动，因而，沿海的倭患像瘟疫一样四处蔓延。
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