从上世纪80年代开始，为了预测药物-蛋白质相互作用结构和结合亲和力，有一种称为“分子对接”的计算模拟方法（也称为“高通量虚拟药物筛选”）延伸出根据靶标结构从现有化合物库中搜寻活性化合物的虚拟筛选方法，在新药发现中得到了广泛应用，现在已经成为药物发现的核心工具之一，这也是未来药物研发的重要方向。到目前为止，已经有商业化合物分子3000多万个，药物靶标2000多个。如果用高通量筛选方法来做，针对一个靶标每天筛选20万个化合物，每个化合物每次筛选需要1美元，将需要822年、花费600亿美元来完成2000个靶标的筛选。这是个非常大的工程，没有一家研究机构和制药公司有这样的实力开展这样的实验工作。而通过虚拟筛选的方式，则能够以较小的花费来加快这个流程。
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