中医典籍《黄帝内经》正是在探讨自然界“气”的运行规律时，肇始了“五运六气”学说。
运气学说认为，每一年都有自己独特的气象特点。这种年度之间的气象差异，以60年为一个周期。根据运气学说，天地之间存在着两大气象要素系统：一个是“五运”系统，由木、火、土、金、水五气构成，按五行结构法则组织起来，称为“五运”；另一个是“三阴三阳”系统。它由风、热、火、湿、燥、寒等六气构成，按三阴三阳（即少阴、太阴、厥阴、少阳、太阳、阳明）的组织法则组织起来，称为“六气”。
于是，根据五运和六气这两大系统之间，以及它们内部发生的相生相胜、相吸相斥的交互作用，在许多因素的自然综合过程中，形成了60年不同的气象类型。这正好是俗称一个“花甲”的60年循环周期。而这不同的60年气象类型，按照《内经》提供的方法，可以根据天干地支符号所标记的阴阳五行内容，具体演算出来。
这样，“天人合一”就具体落实到《内经》所说的“人与天地相应”上了。自然是人体生命活动的外部环境。自然气候的变化，当然要影响到人体的健康和疾病。在正常情况下，人体能按照运气规律加以调节，跟年度气象类型同步、并与之适应。但是，如果不适应年度气候出现的异常变化，人体就会出现跟气候变化特点相关的流行病。
五运六气学说，是古人长期认真观察自然界气候变化现象，以及气候对人体生理、病理方面所产生的影响，逐渐总结出来的一套医学气象理论。显然，自然界存在着的气候变化，以及生物（包括人体在内）对这些变化所产生的相应反应，是运气学说得以形成的物质基础。