1616年～1911年，蒙古国的历史主要与清朝的统治密切相关。
1616年，后金（清朝前身）建立，开始与蒙古各部建立联系。清朝通过联姻、盟旗制度等手段加强对蒙古的控制，将漠南、漠北、漠西蒙古纳入版图。
1691年，清朝通过联姻、盟旗制度等手段加强对蒙古的控制。康熙帝亲自主持多伦会盟，正式将喀尔喀蒙古（外蒙古）纳入清朝版图。哲布尊丹巴呼图克图（活佛）在此次会盟中发挥了关键作用，被康熙帝升为大喇嘛，负责管理喀尔喀宗教事务。
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