汉唐时代，中原王朝曾经用都护府的形式将新疆之地纳入中央政府的管辖之下。然而，当盛唐在安史之乱的狼藉中没落后，吐蕃一度攻入长安城，唐朝河西、陇右尽丧。孤守西域的唐朝军队最终在坚守半个世纪后全军覆没。
天山以南之地成为吐蕃之野，天山以北则沦为漠北回纥的草场。在随后漫长的八百余年之间（9-17世纪），中原王朝都未能有效控制新疆地区（元朝时期新疆为察合台汗国所直接管辖）。清朝时期，清军再次平复西域，却将新疆的首府定在了伊犁，这背后又隐藏了数百年间新疆地缘历史的沧海桑田。
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