随着人类对基因遗传更深入的了解，如今，近亲结婚在全球很多国家被禁止，中国现行的《婚姻法》规定：“直系血亲和三代以内旁系血亲禁止结婚”，因为近亲结婚容易造成基因遗传缺陷，隐性遗传病发病率比非近亲结婚要高十几倍乃至几十倍，近亲结婚后代易出现先天性心脏病、畸形、脊髓裂变、聋哑、癫痫、精神分裂等多基因遗传病。
不过在古代，无论民间还是皇室贵族，近亲结婚还是非常流行的。古代老百姓普遍有“肥水不流外人田”这种思想，近亲血缘关系的人结合在一起就“亲上加亲”。古代皇室近亲结婚则是为了保持血统纯正，近亲结婚比平民百姓更常见，特别是到了清朝，就更司空见惯了，比如顺治、康熙、乾隆都有娶过自己表姐/妹为妻，而我们知道清末三个皇帝同治、光绪、宣统均断后，有专家分析认为，这是大清皇室200多年坚持的近亲结婚造成的结果。
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