西晋灭亡后，一向被视为代表中原文化正统的晋朝上层贵族大批南渡，在江东建立了东晋政权；北方则进入“五胡十六国”时期。北方这些国家的君主多崇信佛教，这一方面是因为他们大多在文化上相对落后，自身并没有深厚的传统与强大的信仰；另一方面，他们以外族之身入居中原，对于佛陀这个“胡教戎神”有着一种天然的亲切感。到了后秦姚兴之时，因为迎请了旷代译经大师鸠摩罗什，翻译出多部大乘经典，佛教在中国北方的传播面日益深广，盛极一时。
稍后，当北朝的北魏第三代皇帝太武帝拓跋焘在位（424—451）时，结束了五胡十六国的割据局面，重新统一了北方。他先后举行了七次北征，基本解决了柔然的骚扰问题，在对南朝刘宋的战争中也一度占据主动，其势力直抵长江以北。但就是这样的一位鲜卑族的雄主，在中国历史上第一次下达了“灭佛”的命令：凡带有诸佛图形的佛像和所有经书都要烧毁，出家人无论老少都要坑杀。这次灭佛的直接原因是佛、道之争。当时北方道教的领袖人物寇谦之与太武帝重用的汉臣崔浩交谊甚笃，两人经常通宵达旦谈古论今。寇谦之自称得到太上老君的神授使命，要辅佐人间的“太平真君”，于是崔浩上疏太武帝，劝其信奉了天师道，并且将年号都改为“太平真君”。
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