秦始皇设立“三公九卿”制度，为封建专制主义中央集权国家制度的建立创造了雏形，对以后的历代封建王朝的建立，有着重要的影响。
三公九卿制度的基本结构从秦朝一直沿用到两晋，直至隋文帝创三省六部制。从三省六部制的结构上来看，也有着三公九卿制结构的影子。此后，一直到明代，明太祖朱元璋废掉中书省、尚书省及门下省，六部直接对皇帝负责，中国古代历史中的中央官制三级制度才算寿终正寝。
三公九卿这一制度沿用约达800年，从结构上影响三省六部制，并左右中国古代中央官制约达700年。可以说，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中国历史上留下了浓重的一笔。
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