甘军是晚清时期起源于甘肃的一支地方部队，前身为甘肃回乱时保境安民且反清的义军。
1867年（同治六年）左宗棠以钦差大臣督办陕甘军务，收买甘肃起义首领之一董福祥，将所部民军改编为甘军。后来将招降的马占鳌、马福祥等回民编入甘军。后添募四营，增足二十营，驻山陕一带。又再募十营，以厚兵力，兼为策应之师。
1877年（光绪三年）四月：左宗棠令诸军三路并进，直取南疆，董福祥率甘军翻越天山，急行军1200多里，攻克南疆门户达坂城，杀敌甚众。接着步马兼程，收复托克逊城，俘敌2万余众。五月，阿古柏被部下所杀，白彦虎向俄境逃窜。八月，清军开始追歼南疆残敌，甘军任先锋，接连攻克喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等城，接着又马不停蹄，穿越人迹罕至的塔克拉玛干沙漠，收复了喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌以及和阗四城。至此，南北疆全部收复。阿古柏政权灭亡后，英俄对此并不甘心，仍然扶持残部不断窜扰我国西部边境，董福祥率军驻守喀什噶尔，屡歼入侵之敌。
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