书中的第三部分讲到了病菌在人类演进过程中的作用，作者的逻辑是欧亚大陆驯化了更多的牲畜而且历史比其它大陆悠久，这些牲畜携带的病菌在和人类的共生中传播到了人类中，农业和牲畜驯化比较发达的地区的致病菌更复杂，而且在欧亚大陆殖民美洲大陆的过程中起到了非常重要的作用，据书中记载美洲大陆从2000万人口锐减到只有百万多人口，是因为欧亚大陆的致命病菌如天花，霍乱，鼠疫等传播到了美洲大陆，美洲土著在万年的进化中没有应对陌生病毒的抵抗能力，导致几乎被灭种。这是比枪炮和钢铁更有力的武器。但是这也许是殖民者的托词，对于血腥镇压本地土著的一种粉饰，或者说这其实是生物武器的雏形？！“病菌也不单单是欧洲人的朋友”在非洲大陆上，有很多本土致病菌也克制了殖民者的脚步，比如疟疾、黄热病等，使得殖民者征服非洲大陆的时间推迟了近400年。
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